以附加于 国民年金上的厚生年金（覆盖私营部门雇员和第三类被保险人）和共济年金（覆盖公务人员）为第二层体系。

国民年金是日本社保制度的基石，具有强制性、全覆盖、低水平的特征。第一类参保者缴费实行定额制，2017 年起缴费为 16900 日元/月，国家和个人承担一半费用，基本覆盖所有人口。第二类参保者为厚生年金和共济年 金的参保者，实行定率制，每月从工资收入中扣除。加入厚生年金和共济年金同时也加入了国民年金，即雇员及 其配偶是通过向厚生年金以及共济年金强制缴纳与收入挂钩的养老计划从而加入国民年金，而不是直接缴纳国 民年金。值得注意的是，该养老金改革创立了第三方被保险人者制度，强制将企业雇员的被抚养配偶加入国民年 金，作为第三类参保人，其保险费从雇员收入中扣除。

厚生年金和共济年金也可作为政府主导的雇员养老金计划，是政府强制，且与收入挂钩的养老计划。厚生年金针 对雇员超过 5 人的企业，交费根据收入水平实行定率制，自 2017 年开始缴费率为 18.3%，其中员工和单位各负 担一半。共济年金覆盖国家公务员、教师和农林渔业团体职员。2015 年厚生年年金和共济年金并轨。

1、税收优惠制度

日本养老金体系采用 EET 政策，即缴费阶段不征税、投资阶段不征税、领取阶段征税。缴费阶段，企业可通过 损金以及必要运营开支等进行税前扣除，个人可通过社保费、中小企业退职金等缴费以及人寿保险费等扣除；投 资阶段，个人缴费部分的利息和投资收益均免税，企业缴费部分特别法人税暂停征收；领取阶段设有养老金扣除 和其他所得税扣除。

国民年金缴费在税前全额扣除。厚生年金缴费按工资收入的 18.3%（上限 68 万日元），由雇主和雇员各分担一 半。其中雇主缴费部分和个人缴费部分均可税前扣除。

2、投资管理

建立养老金市场化运营体系。日本早期由政府主导养老金投资，最早通过“财投计划”进行运作，积累了大量的 坏账，同时在较为保守的投资风格引导下，日本限制养老金在各种投资资产上的配置比例（国内股票限制比例为 17-29%，国内债券配置比例为 51-63%），大规模配置公债以及公共建设等低收益品种，再叠加经济下滑、债券收益率下降以及资产泡沫，公共养老金投资损失惨重。此后，为解决养老金亏损问题，厚生劳动省于 2001 年 4 月成立了日本政府养老金投资基金（GPIF），以市场化模式集中管理公共养老金（国民年金和厚生年金用于发放 养老金后的盈余资金），用于减轻年轻人养老保险费的负担。GPIF 于 2006 年获得独立行政法人地位。